מחלות אוטואימוניות הן קבוצה גדולה של מחלות שנגרמות בשל תקלה במערכת החיסון, שבה תאיה תוקפים את הגוף ללא סיבה. מתקפה זו, שניתן לדמותה לצבא שיורה על כוחותיו, מתרחשת באמצעות ייצור נוגדנים עצמיים וחלבונים מעוררי דלקת נגד רכיבים של הגוף.

רש"י פירש את הפסוק הפותח "כי תצא למלחמה על אויביך ונתנו ד' א-לוקיך בידך ושבית שביו"–במלחמת הרשות הכתוב מדבר". הפרשה מתארת מצב בו הנהגת העם החליטה לצאת ל"מלחמת ברירה"–"כי תצא"-אם תרצה לצאת. יש הבדל בין "מלחמת מצוה" ל"מלחמת רשות". מלחמת מצוה הגדירה הרמב"ם מלחמה על צר שבא על ישראל היא מלחמת מצווה, ואילו מלחמת רשות מטרתה להרחיב את גבול ישראל.  (הל' מלכים פ"ה ה"א). הרמב"ן הפריד בין מלחמה כנגד אויבים, לבין מלחמת מצוה שעניינה היא כיבוש הארץ והחלת הריבונות של עם ישראל בה, (ספר המצוות שכחת עשה ד'). התורה מצווה בעת המלחמה לקרוא לשלום אל העיר בטרם ההתקפה אליה "כי תקרב אל עיר להילחם עליה, וקראת אליה לשלום" (שם, י'-י"א). קיימת מחלוקת אם חיוב זה חל רק במלחמת רשות או גם במלחמת מצווה. רש"י מפרש שכל הפרשה מדברת במלחמת הרשות, שהקריאה לשלום אינה כי אם במלחמת הרשות, אבל במלחמת שבעה עממין אין קוראים לשלום. הרמב"ן חולק על רש"י ומבאר שקריאת השלום אפילו במלחמת מצוה שהרי משה קרא לשלום לסיחון מלך האמורי.

הרמב"ן מבאר טעמה של מצוות הקריאה לשלום בהיגיון תועלתי, אם ניתן להשיג את אותן תוצאות ללא מלחמה, אם כך מדוע להילחם, הרי "בנוהג שבעולם… בכל המלחמות ימותו אנשים גם מִכת הנוצחים". כך גם בעל ספר החינוך (מצווה תקכ"ז). בעל "השם משמואל" מביא בפרושו על פסוקינו "כי תצא למלחמה …" את באורו של האר"י הקדוש וזה לשונו, "בליקוטי התורה מהאר"י ז"ל, שבזה רמז על בעל תשובה כי כשהאדם בא לשוב היינו שיצא למלחמה על האויבים שהוא היצר הרע והאיברים ונתנו ד' א-לוקיך בידך שהוא היצר הרע אז 'ושבית שביו' שהם איברי הגוף 'וראית בשביה אשת יפ"ת, היא הנשמה. המסר העולה מפירושו של האר"י הוא – שעל אף שאדם נכשל וחטא- מכל מקום עליו לדעת שנשמתו הטהורה נמצאת בשבי של היצר הרע וכדאי לו לצאת למלחמה כדי להוציא בחזרה את נשמתו שהיא "אשת יפת תואר". כאשר האדם יוצא למלחמה הקשה הזו- עליו להיות סמוך ובטוח שד' יסייעו לנצח במלחמתו "ונתנו ד' א-לוקיך בידך ושבית שביו". בתפיסתם של חסידי אשכנז, התשובה אמורה לתקן את נפש החוטא בהתאם למידת ההנאה שנגרמה לחוטא מביצוע החטא "תשובת המשקל".

מחלות אוטואימוניות הן לרוב חשוכות מרפא. בעשורים האחרונים, חל מהפך בהבנת המנגנונים שייחודיים לכל מחלה אוטואימונית, שבהם מערכת החיסון משתמשת כדי לתקוף את הגוף, כמו ייצור נוגדנים עצמיים וציטוקינים.

בעל הנודע ביהודה דן בשאלה מהו עיקר התשובה, התענית והייסורים או מעשה התשובה החרטה והווידוי ?, וכך הוא כותב, "… אבל באמת אין התענית רק דבר טפל לתשובה, ועיקר התשובה הוא עזיבת חטא וידוי דברים בלב נשבר חרטה בלב שלם…אבל שאר דברים תענית וסיגופים אינם עיקרים. ותדע הרי זה בלתי ספק שהתשובה מכפרת כפרה גמורה ודבר זה מפורסם בתורה ונביאים וכתובים ובשני התלמודים ובכל המדרשים…אלא ודאי שאין לסיגופים ותעניות עיקר מן התורה ועיקר התשובה הוא חרטה גמורה. וזה יכול להיות ברגע אחד ואם אתה אומר שתשובה תציל ממיתת בית דין בטלו כל דיני מיתות ב"ד" (מהדורא קמא, או"ח, סי' ל"ה). הנודע ביהודה מסביר שהעונשים נועדו להרתיע, ולכן חשוב לתת אותם גם על צד שיש חשש שהוא עשה תשובה אמיתית, אך עיקרה של תשובה היא אוטואימונית, חיזוק המערכת הפנימית היא המסר המוצא את ביטויו בדברי המשנה "איזהו גיבור הכובש את יצרו שנאמר 'טוב ארך אפים מגיבור ומושל ברוחו מלוכד עיר'" (אבות פ"ד מ"א). פשט הפסוק הוא שהכובש עיר הוא אכן גיבור אלא שארך אפים הוא טוב יותר מן הגיבור. הפרשנים ביארו כי המשנה תיארה את המאבק המתרחש באדם, נמצאנו למדים – שהיצר הרע – האויב הפנימי של האדם – הוא האויב הקשה ביותר. והרי משנתנו רצתה לחדש שהגיבור הוא הכובש את יצרו ולא זה שלוכד עיר.

(כי תצא תשפ"ב)

הפוסט התשובה האוטואימונית הופיע לראשונה ב-שבתון - השבועון לציבור הדתי.