ספר שיצא בארצות הברית בשם "רולטה גנטית, הסיכונים הבריאותיים המתועדים של מזונות מהונדסים גנטית", טוען כי המזונות המהונדסים, אינם בטוחים כלל וכלל.
בין יתר הנושאים בפרשת קדושים מובא איסור כלאיים. איסור זה כולל שש מצוות לא תעשה. ארבעה איסורים בתחום הצומח והחי, כלאי זרעים, כלאי הכרם, כלאי בהמה, ושני איסורים נוספים הם איסור עבודה באמצעות שני בעלי חיים ממינים שונים, וכן איסור לבישת בגדים העשויים משילוב צמר ופשתן (ויקרא י"ט י"ט). מדוע התורה אסרה כלאיים? לדעת רש"י איסור כלאיים הוא מן החוקים, "חוקים אלו גזירות מלך שאין טעם לדבר" (רש"י שם). רוב המפרשים חלקו על הבנתו של רש"י ופרשו את המונח 'חוקות' באופן אחר. הבולט בין הפרשנים החולק על הבנתו של רש"י הוא הרמב"ן המתנגד באופן עקרוני לשיטת רש"י בעניין החוקים, וטוען, לכל אורך פירושו לתורה, שלמצוות יש טעם והן לא רק "גזירות מלך" (ויקרא י"ט, י"ט). הוראת המונח "חוק", לפיכך, אינה גזירה שאין בה טעם, אלא המידה והסדר הנכון והמדויק של הבריאה, שהתורה אוסרת להפר אותו. הרמב"ן הוסיף והסביר: "…והמרכיב שני מינין, משנה ומכחיש במעשה בראשית, כאילו יחשוב שלא השלים ד' בעולמו כל הצורך ויחפוץ הוא לעזור בבריאתו של עולם להוסיף בו בריות…" (שם).
הכלאת מינים היא התערבות אסורה במעשה בראשית, מעין פעילות טכנולוגית הכפויה על הבריאה, והמעידה שאין העושה מרוצה ממעשה בראשית ואינו משתמש בו כפי שהוא, אלא הוא מעוניין ליצור מינים חדשים. בלשונו של בעל ספר החינוך: "נמנענו מלהעלות על רוחנו, אף כי נעשה בידינו, דבר שמראה בנו רצון לחליף דבר במעשה ד'" (מצוה ס"ב).
חז"ל על פסוק זה מפנים אותנו אל ההבנה העיקרית של המונח 'חוקות' "תניא אמר שמואל, מה תלמוד לומר "את חקתי תשמרו בהמתך לא תרביע"? חוקים שחקקתי לך כבר – תשמרו עתה" (קידושין ל"ט ע"א). כלומר, המונח 'חוקות' אינו מתייחס למה שד' עתיד לצוות להלן, אלא לחוקים שהוא חקק כבר, שעתה הוא מצווה עליהם.
תעשיות הביוטכנולוגיה טוענות כי מדובר בפתרון אולטימטיבי לבעיות רבות, ולייצור קל ומהיר של מזון שיאפשר לפתור את בעיית הרעב בעולם.
אחת התופעות ממנה חוששים החוקרים היא 'זיהום גנטי', מצב בו גנים עוברים מהצמחים המהונדסים לצמחי הבר. זיהום כזה עלול לא רק לשנות את צמחי הבר, אלא גם להשפיע על כל המערכת האקולוגית.
התייחסות לשאלת היתר השימוש בהנדסה גנטית מופיעה בספרו של הרב שלמה זלמן אויערבך וכך מובא שם: "בעניין שאלתו בדבר הנדסה גנטית, שמכניסה חלקיקי תאים מבריה אחת לשנייה ועל ידי זה משנים את תכונותיה של השנייה, ….בהרכבת עצים נראה דשפיר אסור אף אם ההרכבה היא רק על ידי זריקה של מיץ אשר אם היה זורע את המיץ באדמה לא היה צומח כלל, כי סוף סוף השדה זרועה משני מינים…" (מנחת שלמה ח"ב סי' צ"ז אות כ"ז).
כמו בשיטות הקלאסיות, כך גם ביצירת צמחים טרנסגניים, כאשר משתמשים בזן אחר של אותו מין המכיל תכונה המבוקשת, אין כל חשש לאיסור כלאיים, מכיוון שמדובר על בני מין אחד. לעומת זאת, כאשר יוצרים צמח טרנסגני על ידי העברת גן מצמח בן מין אחר, צריך לשקול ברצינות האם אין הצמח החדש בן כלאיים והאם אין ביצירת צמח כזה משום איסור כלאיים. הרב אויערבך סבור שיש הבדל מהותי בין הרבעת בעלי חיים לבין הרכבת כלאים. בהרכבת כלאיים בבעלי חיים הקובע הוא מעשה ההרבעה, והעברת דנ"א, הצופן הגנטי, מבעל חיים אחד למשנהו בוודאי איננה בגדר מעשה הרבעה. בצמחים, לעומת זאת, קובעת התוצאה, ואם בפועל מתקבל צמח המשלב תכונותיהם של מינים שונים יתכן שיש כאן מעשה כלאים, ואפילו אם לא היה כאן מעשה ישיר בידי אדם (עיין נשמת אברהם ח"ד סי' תכ"ה עמ' ק"פ-קפ"ג, הערה 1, הדן בדבריו של הרב אויערבך).
הרב דב ליאור סבור שאין איסור בהנדסה גנטית בצמחים ומשלוש סיבות. האחת, איסור כלאים הוא רק כשמערבים מינים בדרך המקובלת. השנייה, מראית עין הינו כלל גדול בכלאים, ובהנדסה גנטית אין היכר לתערובת המינים. השלישית, התורה אסרה כלאים רק בעצם או ייחור המסוגל להתפתח ולצמוח, אבל פעולות להשבחת הפרי ועמידותו לא נאסרו (אמונת עתיך, עלון מס' 28, ניסן-אייר תשנ"ט).
(קדושים תשפ"ב)