למצרים יש מקום מיוחד בזיכרון ההיסטורי של עם ישראל ובתודעתו הקולקטיבית. מצרים חרוטה בתולדות העם היהודי כסמל לגלות ולשיעבוד מזה ולסמל ליציאת מצרים וחרות. ארץ מצרים היא ארץ הנילוס, ארץ העבדות עבור העם היהודי… אבל היא גם ארץ מולדת עמנו. במצרים נולד משה רבנו והיא הייתה ערש תרבותו של העם היהודי, תרגום השבעים נכתב במצרים וכן מרבית כתביו של הרמב"ם. במאות ה-16 וה-17 פעלו במצרים גדולי החכמים אשר היו ברובם גולי ספרד או צאצאיהם, כגון: הרדב"ז, מהר"ם אל אשקר, ר' יעקב בירב, האר"י הקדוש, רבי יעקב קאשטרו, רבי בצלאל הלוי ואחרים.
מצרים היא ארץ של הפכים. ארץ הנילוס, הנהר הרחב, לעומת מדבר סיני גדול המימדים, ארץ של שיעבוד ועבדות לעומת ארץ של הצלה וחרות. כך למעשה היה גם לאורך השנים, מצרים הייתה לעיתים מקום מקלט ומפלט ליהודים ולעיתים דחתה אותם והתנכרה אליהם.
קהילה עתיקת יומין
את הקיבוץ היהודי אשר ישב מצרים, ניתן להשוות בייחוסו ההיסטורי עם ישיבת היהודים בארץ ישראל ובארם נהריים. במשך ההיסטוריה, בבל ומצרים ,בשתי הקצוות של הקשת הפורייה, הפכו למקום מקלט ליהודים מארץ ישראל בעת צרה.
לא רק אברהם ויעקב ירדו למצרים בשעת משבר, אלא יהודים שבו וירדו מצרימה כבר בימי הבית הראשון. ירמיהו הנביא גלה למצרים ביחד עם פליטים מארץ ישראל לאחר חורבן בית ראשון. גם מגורשי ספרד במאה ה-16 ויהודים נוספים מארצות אירופה במאה ה-20 מצאו מקלט במצרים.
פריחה תרבותית ויהודית במאה ה-19
בשלהי המאה ה-19 החלה תקופה של פריחה בינלאומית במצרים אשר היטיבה עם המדינה בכלל ועם היהודים בפרט. בתקופה זו מצרים התעצבה כמדינה מודרנית וקיבלה את השפעתה מארצות אירופה ובעיקר מצרפת ובריטניה. התרבות העשירה והרבגונית של שילוב מזרח ומערב, הביאה לפריחה תרבותית בה והיהודים אימצו תרבות זו לחייהם.
תהליכי מודרניזציה אלו הפכו את ערי מצרים לקוסמופוליטיות ופתחו את שעריהן בפני מהגרים מכל העולם. השגשוג התרבותי והכלכלי הפך לאבן שואבת ליהודים מארצות אחרות באירופה, צפון אפריקה, אגן הים התיכון וארצות המזרח אשר חיפשו אופקים חדשים לפעילותם המסחרית. ואכן בשנת 1897 מנו יהודי מצרים 25,000 נפש, ב-1907 מנו 38,000, בשנת 1917 מנו 60,000 יהודים. היו אלה שנים של תמורה וצמיחה בקהילה היהודית במצרים יותר מבכל תקופה אחרת.
מפקד האוכלוסין של שנת 1947 ספר במצרים 65,639 יהודים, אולם לפי ההערכות היו עוד יהודים רבים שלא היו רשומים בקהילות ומספרם הכולל הגיע ליותר מ-100.000 יהודים.
אופיים של יהודי מצרים בתקופה זו, לא היה מעור אחד, אלא מעין שתי וערב של בני תרבויות שונות, ספרדים ואשכנזים, דתיים, מסורתיים וחילוניים, דוברי שפות שונות מלאדינו וצרפתית עד ערבית ואפילו יידיש. כולם חיו זה לצד זה, בכבוד הדדי למסורות השונות.
החיים היהודיים, בעיקר בקהילות הגדולות של קהיר ואלכסנדריה, היו פעילים ותוססים. היו בקהילות בתי ספר, תנועות נוער, מועדונים, כתבי עת. היהודים ומנהיגיהם היו מקובלים בעיניי החברה הסובבת. יהודים בודדים היו קשורים גם לפעילות הפוליטית ומעטים נכנסו גם לפרלמנט או לסנאט המצרי. היה מקובל גם להזמין את הרבנים הראשיים של מצרים בין השנים 1920 ל-1939 (הרב רפאל בן שמעון והרב חיים נחום אפנדי) לאירועים ממלכתיים כסמל לדו-קיום עם המיעוטים ולאחווה בין הדתות.
יציאת מצרים השנייה
ההיסטוריה בת אלפי שנים של יהודי מצרים באה אל קיצה באמצע המאה ה-20. צמיחתה ופריחתה של מדינת ישראל והמלחמות מול העולם הערבי, גרמו לסיום דרכם של היהודים על אדמת מצרים. הזמנים הטובים בהם היהודים התרבו והתפתחו במצרים חלפו לבלי שוב. עם קום מדינת ישראל, הבינו היהודים במצרים ובשאר ארצות ערב, שאין להם עתיד שם ועליהם להגר. פרק זה בהיסטוריה של יהודי קהילות ערב ומצרים ידוע בכינוי: "יציאת מצרים השנייה".
התאריך שהווה את קו פרשת המים ביחס של המצרים ליהודים היה כ"ט בנובמבר, כאשר עצרת האומות המאוחדות הכריזה על סיום המנדט הבריטי ועל הקמת שתי מדינות בארץ ישראל, מדינה יהודית ומדינה ערבית. מהכרזה זו החל היחס הקשה והעוין של המצרים כלפי היהודים. מרגע זה, תהליך התרוקנותה של קהילה היהודית היה מהיר ומקיף ובפרק זמן קצר יהודי מצרים החליטו לעזוב את ארץ היאור.
השינוי ביחס ליהודים ותחילת תהליך היעלמותם מהמדינה לא בא באופן פתאומי, אלא כפי שהיה ביציאת מצרים הראשונה, גם ביציאת מצרים השנייה, הדברים באו צעד אחר צעד בשרשרת של אירועים נגד היהודים, ובכלל זה חוקים ורדיפות, חוסר סובלנות, אפליה ודיכוי ואף רדיפות אכזריות. חנויות של יהודים הוחרמו, בתי ספר ומוסדות יהודיים נסגרו, שכירים יהודים פוטרו, שופטים ועורכי דין יהודיים גורשו מאיגודים מקצועיים, והאוכלוסייה המצרית קיבלה הנחיות שלא לפנות לרופאים ולבעלי מקצוע יהודים.
המפנה בא במחצית השנייה של שנות הארבעים. בפעם הראשונה עם הקמת מדינת ישראל ומלחמת העצמאות בשנת 1948, בפעם השנייה במבצע סיני בשנת 1956 ובפעם השלישית במלחמת ששת הימים בשנת 1967. בכל אחד ממועדים אלו, נפגע אנושות הישוב היהודי במצרים עד אשר חוסל כליל ולא נשארו אלא אחד מעיר ושניים ממדינה.
כבר בשנת 1948 הכריזו במדינה על מצב חרום אשר הופנה בראש וראשונה נגד היהודים. יהודים רבים נאסרו כחשודים בתמיכה ציונית והונם הוחרם, וכן היו התנכלויות לבתי כנסת ולבנייני ציבור של יהודים.
שלטונות מצרים הוציאו את הציונות מחוץ לחוק, והתייחסו לכל יהודי מתוך נקודת מוצא שהוא ציוני ואיננו נאמן למצרים. החלטה זו עודדה גם קריאות אשר נשמעו מתוך המסגדים להתייחס ליהודים כאל אויבים.
בעקבות המלחמות ושינוי יחס המצרים ליהודים, רוב היהודים עזבו את המדינה בגלים שונים. כמחצית היהודים עלו לישראל ואחרים הגרו לארצות הברית, קנדה, צרפת, אוסטרליה, דרום אמריקה. וכך באה אל קיצה דרכה של אחת הקהילות העתיקות והאמידות במזרח התיכון.