בשונה מאבות הציונות הדתית קודמיו, כמו הרב קלישר, הרב אלקלעי, הרב מוהליבר והרב ריינס, שבניסיונם לשכנע את שלומי אמוני ישראל להצטרף לתנועה הציונית, לא ייחסו לשיבת ציון בדורנו משמעות גאולית אלא איתערותא דלתתא שתסייע לקירוב איתערותא דלעילא, הרי שהרב קוק ראה בהתעוררות הלאומית ובשיבת ציון התגשמות חזון הגאולה של נביאי ישראל, ותנועת תחייה של העם היהודי.
שיבת ציון היא מהפכה עולמית. עם ישראל חוזר לתפוס את המקום שייעד לו הקב"ה: המגדלור המוסרי של האנושות. שיבת ציון היא "לא הד קול, שעם שנאוי בעולם, הולך לבקש לו מקום בטוח מרודפיו לבדו, ראוי להשיב לתנועת עולמים זו את חייה, אלא שגוי קדוש, סגולת העמים, גור אריה יהודה, נעור מתרדמתו הארוכה, והנה הוא שב אל נחלתו, אל 'גאון יעקב אשר אהב סלה"'.
הרב קוק היה רב חרדי שלא סטה מדרך המלך ההלכתית כהוא זה, אך ראייתו את שיבת ציון כאתחלתא דגאולה הציבה אותו כמהפכן אל מול היהדות החרדית. אך הביטוי העיקרי של מהפכנותו אל מול היהדות החרדית הוא ביחסו אל החלוצים. הרב קוק מגלה הבנה ליחסם של החלוצים ליהדות החרדית: "אין רוח היישוב החדש יכול לשאת את מהלך הרוח, את הסגנון ואת התכונות של חניכי היישוב הישן… רוח המטלת אימה של בוז על האיש המורגל בחיים אירופאיים, אם מעט ואם הרבה".
מסירות נפשם של החלוצים לבניין הארץ מחייבת אותו להביט פנימה אל הדרך החרדית הסלולה מימים ימימה, ולערוך חשבון נפש חרדי. הוא שומע בחילוניותם "צעקה", היהדות כפי שהיא משתקפת באורח החיים החרדי אינה משביעה את רעבונם הרוחני. מכאן, הוא מגיע למסקנה כי אין להסתפק עוד בעולם של לימוד והלכה, אלא יש לחתור לגילוי נשמת התורה, לגילוי המאור שבה. "עזבנו את נשמת התורה, וזאת היא הצעקה הגדולה המקפת בעוזה דורות רבים… ארץ ישראל, דורשת תעופה רוחנית מבניה… צד חידוש זה הוא מוכרח בדורנו, ומוכרח הוא ביותר בישוב החדש, הדורש רפואה רוחנית".
דומה שהמהפכה הזו היא שקבעה את היחס הקשה של היהדות החרדית אליו עד עצם היום הזה, והיא זו המבטאת את ההבדלים האידיאולוגיים בין היהדות החרדית לביון הציונות הדתית.
