"עיר הנידחת" היא מצווה הדורשת מן האדם אכזריות מופלגת כדי לקיים אותה, ככתוב: "הכה תכה את יושבי העיר ההיא לפי חרב . . . ושרפת באש את העיר ואת כל שללה תקבוץ אל תוך רחובה, ושרפת באש את העיר ואת כל שללה כליל לה' אלקיך, והיתה תל עולם ולא תבנה עוד". וכך מתאר אותה הרמב"ם: "שיצאו אנשים בני־בליעל והדיחו את יושבי עירם לעבוד אלהים אחרים, ואם הודחו רוב יושבי העיר שולחים להם שני תלמידי חכמים להזהירם ולהחזירם למוטב, אם חזרו ועשו תשובה מוטב. ואם עומדים באיולתם, בית דין מצוים לכל ישראל לעלות עליהם לצבא, והם צרים עליהם ועורכים עמם מלחמה עד שתבקע העיר, והורגים כל אלו שעבדו בסייף ושורפים את העיר באש".
על הפרשה הזו אמרו חז"ל במסכת סנהדרין [עא א]: "עיר הנידחת לא היתה ולא עתידה להיות, ולמה נכתבה? דרוש וקבל שכר". קל להבין את הרישא של המאמר: "לא היתה", כלומר שעד תקופת הגמרא לא נוצרו עדיין במציאות הנסיבות המחייבות לקיים דיני עיר הנידחת. אך הסיפא של המאמר האומר: "ולא עתידה להיות" קשה, אם מראש היה ידוע לתורה שעיר הנידחת לעולם לא תהיה, מדוע מלכתחילה כתבה אותה התורה? את הצורך, לכתוב בתורה דבר מסוים אף על פי שלא יתקיים לעולם למעשה, מסביר הראי"ה [אגרות ראיה אג' רסו], שאכן ההלכות הללו אינן נוגעות למעשה, אלא הן בעיקרן הלכות בעלות ערך חינוכי, שהאדם הלומד אותן בעיסוק הלימודי שלהן מפנים את המסר החינוכי שלהן. כי הידיעה הבאה לאדם מתוך לימודו, אפילו אם היא תיאורטית בלבד, היא המפנימה לתודעתו של הלומד את ההתרחקות מהמעשים שיש עליהם עונש כה חמור, עד שבפועל לא יעז מאן דהו לעשותם. על התופעה הזו שיש ההבדל בין תורה שבכתב שמענישה עונש חמור, לתורה שבעל פה שמונעת את העונש הכתוב, אמרו ב"זהר": ש"תורה שבכתב" הוא אבא, ותורה שבע"פ היא אמא, וכשילד חוטא האבא מרים את ידו להעניש את הילד, ואז האמא תופסת את יד האבא ומונעת ממנו להכות את הילד, כך התורה שבכתב אומרת "עין תחת עין" ותורה שבעל פה מפרשת שהכוונה לממון.
מלבד הערך החינוכי שבפרשת "עיר הנידחת", מעבירה לנו התורה בפרשה הזו מסר נוסף, והמסר הוא הבטחת התורה "ונתן לך רחמים וריחמך". התורה מבטיחה לנו שלמרות שהענשה של עיר הנידחת היא עונש כה חמור, כיון שהמעשה נעשה במצות הבורא, אין לחשוש שהמעשה הזה יהפוך את העושה אותו לאכזרי, כי קיום מצוה אינו משחית. מסביר רבי חיים בן עטר בספרו "אור החיים": "ונתן לך רחמים ורחמיך – כוונת מאמר זה כאן, לפי שציווה על עיר הנידחת שיהרגו כל העיר לפי חרב, ואפילו בהמתם, מעשה הזה יוליד טבע האכזריות בלב האדם, כמו שספרו לנו הישמעאלים כת הרוצחים במאמר המלך, כי יש להם חשק גדול בשעה שהורגים אדם, ונכרתה (ונסתלקה) מהם שורש הרחמים והיו לאכזר. והבחינה (התכונה הזו) עצמה תהיה נשרשת ברוצחי עיר הנידחת, לזה אמר להם (הקב"ה) הבטחה: שייתן להם רחמים, הגם שהטבע יוליד בהם האכזריות, (והקב"ה) מקור הרחמים ישפיע בהם כוח הרחמים מחדש, לבטל כוח האכזריות שנולד להם מכוח המעשה". בדבריו אלו יש גם תשובה לסיסמא השקרית הנשמעת במחוזותינו חדשים לבקרים: "הכיבוש משחית", שיש בה הטעיה כפולה: א. ארץ ישראל בכלל, ובפרט חבלי יהודה והשומרון שהם לב לבה של ארצנו, אינם "שטח כבוש". ב. קיום מצות ישוב הארץ, גם אם נאלצים אנו בקיומה להשתמש באמצעים אלימים כדרכה של מלחמה והתגוננות, על המעשים הללו יש לנו הבטחה תורנית שלא תשחית את מידותינו. ואם לצערנו יש תופעות של השחתת המידות ואלימות בחברה הישראלית הן תוצאה של תרבות חקיינית של המקולקלים שבאומות העולם הפוגעת בחוסן הלאומי והמתנכרת ליהדות, הוסף להם את האנוכיות והחומרנות האוכלת בנו כל חלקה טובה, ותקבל חברה אוכלת יושביה. (ראה תשע"ח)