ביום מן הימים שאל תלמיד את רבו, הרב יהודה עמיטל, מייסד וראש ישיבת "הר עציון": "הרבה תלמידים בימינו נועצים עם רבותיהם בכל דבר ועניין. למן ענייני שידוכים, דרך בחירת קריירה מקצועית או בחירת שֵם לילד, ועד השאלה האם לעבור ניתוח שעליו ממליצים הרופאים, אם לאו. מדוע אל הרב לא מרבים לפנות בשאלות כאלה?".
הרב עמיטל התבונן בשואל, העלה בת שחוק על פניו, והשיב: "איני זקוק לזה…"
ואכן, גם בעניין זה היה מו"ר הרב יהודה עמיטל, שהשבוע תימלאנה שש עשרה שנה לפטירתו, אחד יחיד ומיוחד. הוא היה אדמו"ר, אבל תבע מתלמידיו שלא יהיו חסידים, בוודאי לא "חסידים שוטים".
"אל תהיו לי עמיטלים קטנים", נהג להפציר בהם. ואכן, לא אחת, גם הגדולים שבתלמידיו לא נמנעו מלחלוק על עמדותיו, בתוך היכל הישיבה וחוצה לה, והדבר הסב לו נחת מרובה. חשיבה עצמאית, מקורית, ו"שכל ישר" היו בעיניו אבן פינה ויסוד מוסד.
תמצית משנתו (שרוכזה עוד בחייו, בחיבור "קול יהודה" פרי עטי, שנמצא במרשתת, ובספרם היפה של נכדו יקותיאל (קותי) גלעד והרב יאיר שטדלר, "לעולם יהא אדם") מלמדת על רוחב דעתו, אחריותו ודאגתו לכלל, המקוריות והאומץ שניחן בהם, תכונות שלעתים שילם תמורתן מחיר אישי וציבורי כבד.

כך, למשל, התנגדותו לכרוך כל דבר בהלכה. באחד ממאמריו המפורסמים, "לא הכל הלכה", זיקק הרב את השקפת עולמו שעליה חזר פעמים רבות: "אנו חיים בתקופה שבה חוגים דתיים משכילים מרבים להדגיש את מרכזיותה של ההלכה והמחויבות אליה ביהדות", אמר. "יכול אני לומר שבצעירותי בהונגריה שלפני השואה לא שמעתי שאנשים מדברים כל הזמן על ה'הלכה'. אנשים התנהגו על פי מסורת בית אבא… רבים מערכי היסוד של התורה, שמבוססים על המצוות הכלליות של 'קדושים תהיו' ושל 'ועשית הישר והטוב בעיני ה' ', שלא קיבלו ניסוח פורמלי של הוראה, לא זו בלבד שירדו ממעלתם אלא גם איבדו מתקפותם בעיני ציבור הרואה עצמו מחויב להלכה… ההלכה כולה הפכה להיות בעיני בני הנוער לדבר אוטיסטי שאין לו קשר עם המציאות".
מתוך כך התנגד בחריפות גם לשימוש השטחי והבררני שעושים רבים, רבנים ופוליטיקאים כאחד, כביכול "בשם ההלכה", כדי לקדם את מטרותיהם ואת השקפות העולם הפוליטיות שלהם: "הטיעונים ההלכתיים בפי הרבנים מבוססים בדרך כלל על קריאת המפה המדינית על פי עמדות פוליטיות ימניות הנתונות בוויכוח ציבורי, כמו נושא הסיכונים והסיכויים בתהליך השלום. טיעונים אלה מבוססים על פרשנות והעדפה סלקטיבית של דעות ראשונים ופוסקי זמננו כמו העדפת שיטת הרמב"ן בעניין מצוות כיבוש הארץ (שעצם תקפותה לימינו נתונה אף היא במחלוקת גדולי הפוסקים) לעומת שיטת הרמב"ם וראשונים אחרים, והעדפת פסקי הלכה של רבנים מחוג מסוים לעומת רבנים מחוגים אחרים. משום מה, העדפות אלה תואמות תמיד את השקפותיהם הפוליטיות של אותם רבנים. לא מדובר כאן על עמדות אידיאולוגיות מופשטות אלא בהכרעות הלכה למעשה בשאלות קיומיות בענייני נפשות. בענייני הנהגת הכלל, העם והמדינה, התורה אינה קובעת הלכה חד משמעית שתהיה רלוונטית באופן אוטומטי לכל מצב ולכל דור. בשאלות גורליות להנהגת באומה יש להתחשב במכלול שלם של גורמים: רוחניים, ביטחוניים, חברתיים וכלכליים. האם ניתן לדבר על 'הלכה' חד משמעית שתיתן תשובה אחידה לכל מצב ולכל זמן מבלי להתייחס לכל אותם גורמים?".
בסופם של דברים נוקבים אלה הוסיף אזהרה: "יש להיזהר מהכנסת השקפות פוליטיות לתוך מעטפת הלכתית, שיש בה משום הטעיית הציבור העומד נבוך מול פסק שכזה".
הרב עמיטל לא רק נאה דרש. בפרוץ מלחמת העצמאות, עזב את ביתו ואת רעייתו מרים, לה נישא רק כמה חודשים קודם לכן, נטש את ספסלי ישיבת קלצק (לימים, ישיבת הדרום) שבה למד ולימד תורה, בין השאר, בחברת חמיו ראש הישיבה, הרב צבי יהודה מלצר; הרב מרדכי ברויאר; והרב מנחם מן שך (לימים ראש ישיבת פוניבז' ומנהיג בני הישיבות הליטאיות), והתגייס לשירות פעיל כלוחם מן המניין בחטיבה 7 שהתמקדה בכיבוש הגליל.
בחלוף כחצי שנה, פרסם בביטאון הצנום של בית הכנסת הגדודי מאמר קצרצר, "לדרכו של החייל הדתי בצה"ל" שמו, שבו פרש את חזונו והציב ארבע מטרות: "לקחת חלק בגיבוש המסורת הצבאית של חיי הצבא הקבועים; להטביע חותם של תורה על ההווי הצבאי; לרומם בעיני החייל את הערכים שבשירות הצבאי", והמטרה החשובה מכל: "לקדש שם שמים, בארץ ובעולם כולו".
"אשר קדשנו במצוותיו וציוונו לקדֵש שֵם שמים". זה היה המצפן והמצפון, ה'מוטו' והקו המנחה של הרב עמיטל כל ימי חייו. לשם כך פעל בשדות שונים והשמיע קולו ברמה, בקול צלול וברור, קול שכה חסר בימינו ולימינו.
מי ייתן והמורשת העשירה שהותיר אחריו, כמו גם אלפי תלמידיו ותלמידי תלמידיו, ימשיכו להדהד את משנתו ולהטמיעה בחיי הרוח והמעשה כאחד.
