לדעת הרמב"ם, שלמות האדם איננה טמונה בעצם לימוד התורה אלא בהשגות שהוא משיג. ככל ששכלו משיג את האמיתות במציאות, כן הוא מתדבק בריבון העולם. משום כך החשיב את חכמות המדעים כ'דבר גדול' לעומת הוויות התלמוד, אותן כינה 'דבר קטן'. הרמב"ם הפגין אהבה יתירה ללימוד התורה, וראה בו הקדמה הכרחית לכל מקצועות החכמה, ואולם, מבחינה מהותית ראה בידיעות המדעיות, חכמת הבריאה, שלמות גבוהה יותר של האדם. המסקנה מפתיעה: בעוד אנחנו מחפשים הצדקה ללימוד מדע, הרמב"ם דווקא נדרש להצדיק את הצורך בלימוד תורה!
יש המבקשים להסתמך על דברי הרמב"ם הללו, כדי להצדיק מבחינה תורנית את העיסוק במדע גם כיום. הרב פרופ' דרור פיקסלר ('לתיחומו של 'מעשה בראשית' במדע המודרני', המעיין, תשרי תשס"ח) הוא מהתומכים הבולטים בגישה הזו: "מדעי הטבע כלולים בתוך תחום 'מעשה בראשית' גם בעידן המדע המודרני, אולם הדבר תלוי בהנעה של החוקר: אם מטרת מחקרו היא להבין את העולם בצורה טובה יותר – הוא כלול בתחום ה'פרדס', אסור לדרוש בו ברבים, והוא נחשב חלק מלימוד התורה. אמנם המסקנות המדעיות עצמן אינן 'מעשה בראשית' אלא תיאור טכני גרידא של העולם, ולכן אין כל מניעה לפרסם אותן ברבים".
קשה לטעון שכל פיסיקאי או ביולוג עוסק במעשה בראשית, ועל כן פיקסלר מכניס למשוואה תנאי נוסף: כוונת החוקר. לדבריו, אם תכלית המחקר היא רק לתאר את חוקי המציאות, אין לימוד זה נחשב כמעשה בראשית. אולם אם כוונתו להציע הסבר תכליתי לטבע, קרי; לענות על השאלה מדוע ולשם מה נברא העולם כך, מדובר ב'מעשה בראשית'.
אני מתקשה לקבל טיעון שכזה. ראשית, בעבר היו כל מקצועות המדע כרוכים זה בזה, והלימוד המדעי הוביל להכרת המציאות בכללותה. במקרה כזה ניתן לדבר על הבנה תכליתית של המציאות לאור המדע. אבל כיום, כשתחומי המחקר כה מפורטים ומנותקים האחד מן השני, קשה להבין כיצד מחקר על חלקיק קטן מעניק לאדם הבנה על תכלית המציאות. שנית, עמדת הרמב"ם מבוססת על ההכרה שהישארות השכל טמונה בהשגת האמיתות. מבחינה זו, כוונת החוקר היא אינדיפרנטית לעצם האמיתות שהוא משיג. ושלישית, עיקרה של המהפכה המדעית, שהצמיחה את המדע המודרני, היה בניתוק המדע מחשיבה תכליתית כלשהי. לשלב חקירה מדעית עם תכלית זה לתפוס את החבל משני קצותיו.
לפיכך, דומני שאת הגישה להצדקת העיסוק המדעי, יש להציג בצורה יותר צנועה. לימוד מדע יכול להיות בעל משמעות דתית גם מבלי שנכתיר אותו כ'מעשה בראשית'. כך גרס הראי"ה קוק: "בכלל, מביאים כל המדעים לההכרה הא-להית ולאהבת א-להים, אם כן הם כלולים בציווי של שמע ואהבת" (שמונה קבצים א, תתק). גם מבלי להתעסק במחוזות הנסתר, הכרת הטבע מעצימה את הקשר של האדם המאמין עם א-לוהים. יתירה מכך; גם עצם החכמה "באמת אור ה' היא" (שם), ועל כן כל שימוש בחכמה הוא דבר מבורך.
הכרה שכזו בלימוד המדע היא בעלת ערך תיאולוגי לא קטן, היא מחזירה את בקשת הא-לוהים וההכרה בו אל השיח הדתי. אסכולת 'תורה בלבד' תוחמת עצמה לטקסטים מקודשים ופחות מתעניינת במשמעותם. מבחינתה, פלפול בתוספות הוא בעל ערך בלא כל קשר לשאלה מה מפיקים מכך. ההכרה בלימוד המדע כבעל ערך דתי מחייבת לשנות תפיסה זו. היא טוענת שלימוד הוא בעל ערך רק אם הוא מקדם את ההכרה הדתית, ובכך כלול גם לימוד התורה עצמו. זו הסיבה, שאסכולת 'תורה ומדע' איננה מציעה רק תוספת ללימוד התורה; היא מחוללת רוויזיה גם בתורה עצמה.