שנותיה הראשונות של תנועת בני עקיבא, חופפות לשנות כהונתו של הרב קוק כרב הראשי לישראל. הדמות החינוכית הבולטת בבני עקיבא באותה תקופה היה תלמיד ישיבתו של הרב קוק, "מרכז הרב", משה צבי נריה, שהיה לימים ראש ישיבות בני עקיבא.
יחסו של הרב קוק לבני עקיבא היה מורכב. המצב הדתי בבני עקיבא "היה רחוק מלמלא רצון יראיו", כלשונו של הרב נריה. הרב נריה העיד כי דעתו של הרב קוק לא הייתה נוחה כל כך מפעילותו בבני עקיבא. אבל הוא שאב עידוד מן העובדה שכאשר סיפר לרב קוק על פעולותיו בהקמת סניפים חדשים של בני עקיבא, אמר לו הרב קוק: "אין לך דבר קדוש מזה".
בחול המועד פסח תרצ"ד התקיים בירושלים הכינוס השמיני של מדריכי בני עקיבא. לקראת הכינוס נכנסו שני חברי ההנהלה הארצית, משה צבי נריה ואליעזר אלינר, אל הרב קוק וביקשו ממנו מכתב ברכה לכינוס. בתוך עשר דקות כתב הרב קוק את המכתב המלבב הזה:
"ב"ה יום י"א לחדש ניסן תרצ"ד
יקירי לבבי בני עקיבא,
עז לכם ויפעת נשמה ממקור ישראל,
חביביי, ממעמקי הלב הנני שולח לכם את הבעת הוקרתי לכינוסכם היקר.
חזקה מאוד היא תקוותי שאתם תדעו איך לשאוב ממעייני הישועה, שבכלל הם הולכים ונפתחים לישראל וארצו, לרוחו ורגש חירותו, למרות כל הסיבוכים, המעצורים והצרות ברוח ובחומר שהננו בתור חלק מכלל ישראל סובלים כל כך מהם בפרק המעבר של הזמן הקשה הזה.
ממעיינות האלה, תהיו אתם אחיי היקרים יודעים לקלוט את הזך ואת הטוהר, שבהם תכירו להפלות יפה בין זרם לזרם, בין משקע זר שסערת הרוח מעלה בזעפו ובין תהליך של מי מנוחות המשיב נפש, אשר בהם יהיה חלקכם ובהם תהיו נוחלים אומץ עד כדי השפעה גם כן על חוגים שונים, להרחיב את יסוד ברכת החיים אשר צור ישראל וגואלו חי מופיע בה בעיתים הללו על עם סגולתו.
מרבי עקיבא אורן של ישראל אשר בשמו אתם נקראים בבחינת איגודכם, היו נא מכוונים לשלשת הסימנים המציינים לנו לדורות את קדושתו העליונה, שהם: ראשית אהבת התורה עד לכדי מסירות נפש של סבל בלתי גבולי, הדעה היסודית שסם החיים של האומה ומכון גאולתה אין לו תוכן אחר כי אם זאת התורה שהיא 'חיינו ואורך ימינו'.
השנית ההכללה 'כולהו סתימתאה אליבא דרבי עקיבא' פלגים רבים הולכים וזורמים, מתניתין, תוספתא, ספרי, ספרא וכו' אבל הכול בא מתוך אותו הים הגדול, תורתו הכוללת של רבי עקיבא (עיין סנהדרין פ"ו). התורה תורת חיינו, כל פלגיה המתגלים ברוח וכל הפלגים המתגלים בחיי האומה, ממנה הם זורמים, ולאחדם עם מקורם הברוך לנצח אנו נדרשים. נברך בתורה תחילה, ונמצא את הארץ אשר אבדה לנו על אשר לא בירכו בתורה תחילה (עיין בבא מציעא פ"ה).
והשלישית היא מידת רבי עקיבא המיוחדה, שהיא מתעוררת עכשיו בזמן צמיחת הישועה, להיות לנו לאור עולם, התלהבות ומסירות לחזק כל חזון של גאולה ותחייה לישראל וארצו. ודווקא מפני שהחזון בשעתו נכשל, ובר כוכבא נפל ועמו נפל ישראל בבחינת חירותו הלאומית, בטוחים אנו כי תורת אמת אשר בפה קדוש יבוא תור לה, והתור הזה הולך ובא, ולא תקום פעמים צרה, ולא לחינם לחם ישראל מלחמת קיומו ונצחו עד דור אחרון ועד בכלל.
לכו אחים ובנים חביבים בכוח זה, בכוח ד' גואל ישראל. אל ירך לבבכם, אל תערצו מכל קולות של צווחות וקלגסים. ד' עימנו, ובשמו ותורתו נדגול ונעשה חיל, לקרבת גאולתנו ופדות נפשנו, בישע צור ישראל אשר הננו לעדי עד עמו וצאן מרעיתו.
בברכה, חיים, שלום, חדוות רוח וקושט סלה.
נאמן אהבתכם, אברהם יצחק הכהן קוק".
בברכתו הציב הרב קוק לבני עקיבא שלושה יעדים המאפיינים את רבי עקיבא, שעל שמו הם נקראים: אהבת התורה, הכללת כל התורה שבעל פה על הלכותיה ומדרשיה בתוך התורה, התלהבות ומסירות לחזון הגאולה ותחיית ישראל. המכתב היה לאבן דרך ומסמך מכונן שלאורו מתחנכים חברי בני עקיבא עד עצם היום הזה. הייתה זו למעשה צוואתו הרוחנית של הרב קוק לבני עקיבא לדורות.
להשלמת הברכה הסדיר הרב נריה למדריכים ולמדריכות פגישה מרגשת עם הרב קוק בביתו.
ולבני עקיבא החוגגים בשבת זו את שבת הארגון ייאמר: בלב אמיץ בעזרת ה' עלה תעלו!