תחילתו של ספר שמות דומה בתכניה ובסגנונה לפתיחה של ספר בראשית. הספר פותח בתיאור עם ישראל שהוא פרה ורבה. עובדה זו משתקפת בברכתו של הקב"ה לאדם הראשון ולבני נח – "פרו ורבו ומלאו את הארץ". תיבתו של משה, העשויה בחמר ובזפת, השומרת על חייו של משה ומגינה עליו ממי היאור, מזכירה לנו את תיבתו של נח אשר הצילה את נח ובני משפחתו מהמבול הרועש והגועש.
אמנם, ישנו הבדל משמעותי בין הספרים. ספר בראשית מתמקד בעולם בכללותו, בקוסמוס כולו. העולם נחרב ממי המבול ונוסד מחדש על ידי משפחת נח. לא כן ספר שמות, שהוא ספר שמתאר את הולדתה של האומה היהודית. בדומה לעולם שעמד בסכנה קיומית, גם היהודים היו במצוקה תחת גזירות שמד של המצרים וכמעט אבדו.
ספר בראשית פותח במשבר עולמי של יחסים אנטי מוסריים בין אנשים – גזל וגלוי עריות שמובילים לידי שחיתות ואבדון העולם. ספר שמות פותח במשבר בין אומות. אומה יהודית שמתגוררת במצרים ויש לה תרבות משלה ולשון משלה, העומדת בסכנה קיומית מפני האומה המצרית. במקרה זה הקב"ה אינו משמיד את האומה המצרית אלא מציל את העם היהודי.
את הפסוק "וּבְנֵי יִשְׂרָאֵל פָּרוּ וַיִּשְׁרְצוּ וַיִּרְבּוּ וַיַּעַצְמוּ בִּמְאֹד מְאֹד וַתִּמָּלֵא הָאָרֶץ אֹתָם" מסביר הנצי"ב שבתחילה בקשו יעקב ובניו לשבת בארץ גושן בנפרד מהמצרים, אולם במשך השנים החלו לשבת בכל ארץ מצרים, הם שאפו לגור בכל מקום. לדעת הנצי"ב, הסיבה לאנטישמיות היא המעורבות עם הגויים. כאז כן עתה. השראה לדבריו הוא מוצא בדברי בלעם: "הֶן עָם לְבָדָד יִשְׁכֹּן וּבַגּוֹיִם לֹא יִתְחַשָּׁב". וכך הוא מסביר: "כשאינו מתערב עם העם אשר בתוכו הוא יושב, ישכון במנוחה וכבוד… אך כאשר הוא רוצה להיות מעורב עמם לא יתחשב". כלומר, דווקא הרצון להיטמע בין הגויים מעצים את ההתנגדות לעם היהודי.
תכונת הבדידות אינה רק דרך חיים בגלות אלא גם מאפיינת אותנו גם בהווייתנו כמדינה. היטיב להדגיש זאת ד"ר יעקב הרצוג ז"ל, מיועציו המדיניים של דוד בן גוריון, שהיה שגרירנו בקנדה. הוא נשא נאום בפני 15 תיאולוגים נוצריים שנשלחו על ידי הממשלה האמריקנית למזרח התיכון, לדווח על הצד הרוחני של העמים השונים. (הדברים מובאים בספרו החשוב 'עם לבדד ישכון'.) לדעתו, בעוד שהנצרות והאסלאם הן דתות רב-לאומיות, כך שצרפת או אנגליה, לדוגמא, יכולות להכיל בני דתות שונות – הרי שבעולם היהודי הלאום והדת הם ישות אחת. מדינת ישראל אינה עוד מדינה במזרח התיכון אלא מימוש של יעוד היסטורי ודתי שאין לו מקבילה בעולם. סוד קיומו של עם ישראל הוא ביכולתו לעמוד לבד, מתוך הכרה עמוקה בייחודו ובשליחותו.

ואכן, לצערנו אנו רואים עד כמה צדק הנצי"ב בהבנתו. כיום האנטישמיות מתרחשת דווקא ובעיקר במקומות שהיהודים הם חלק מהחברה הכללית. האנטישמיות חודרת לאוניברסיטאות ולמקומות העבודה. גם אם היהודים שם מנסים להיות אזרחים לכל דבר, החברה הכללית רואה בהם זרים ולכן בקרב אותם יהודים שחיים בניכר קיימת תחושה של חוסר ביטחון. ככל שהיהודי מנסה להיטמע, כך הוא חש שנאה גדולה יותר.
התחושה הזו התעצמה מאד בשנה האחרונה וזה איתות ליהודי העולם לעלות לארץ. כאן במדינת ישראל נוכל לשמור מצד אחד על ייחודינו כ'עם לבדד ישכון', ובמקביל נכרות עם מדינות בעולם בריתות המבוססות על אינטרסים משותפים. שילוב כזה מתאפשר במסגרת של מדינה ולא במסגרת קהילתית בגלות. מצד אחד הבדידות היא סוד קיומנו ומצד שני היא זו שתאפשר לנו להרחיב את מערכת הקשרים עם אומות העולם על בסיס אינטרסים משותפים.
