פרשת שופטים מתמקדת בתחומי ההנהגה בישראל, ובתוכם הסנהדרין ומערכת בתי הדין. כדי להפליל חשוד יש צורך בשני עדים, וכך נאמר: "לֹא יָקוּם עֵד אֶחָד בְּאִישׁ… עַל פִּי שְׁנֵי עֵדִים… יָקוּם דָּבָר". מה ראתה התורה שהעדות תיאמר דווקא על ידי שני עדים, וכי עד אחד אינו יכול להפליל או לזכות? לדעת רבי שמעון בן צמח דוראן, הסבירות ששני עדים ישקרו היא קטנה יותר. עד אחד יכול לשקר יחסית בקלות, אולם כאשר באים שני עדים זהו מבצע מורכב יותר; קשה לתאם עדות שקר בין שני עדים. (תשב"ץ חלק א, עז).
גישתו של הרמב"ם לנאמנות עדים שונה. לדעתו, לא האמון שרוחש בית הדין לעדים הוא המכריע בקבלת עדותם, אלא גזירת הכתוב היא: אם יש שני עדים שנבדקו ונחקרו, הרי שהם יכולים להעיד בבית הדין. וכך הוא כותב בהלכות סנהדרין (כד, א): "אם כן למה הצריכה תורה שני עדים? שבזמן שיבואו לפני הדיין שני עדים ידון על פי עדותן, אף על פי שאינו יודע אם באמת העידו או בשקר". לשיטתו, ייתכן והעדים אינם דוברי אמת, אך הדיינים מקבלים את עדותם לאחר שנבדקו כי כך קבע הקב"ה. מחד גיסא, ראייה נסיבתית מובהקת וברורה לא תתקבל בבית דין; ומאידך גיסא, עדותם של העדים תהיה קבילה.
דוגמה לדבר: הגמרא במסכת סנהדרין (לז ע"ב) דנה במקרה שבו אדם רודף אחר שונאו וסכין בידו. הנרדף נכנס לבית ואחריו הרודף. אף שנכנסו העדים לבית ומצאו את הנרדף הרוג והרודף אוחז בסכין מלאה דם, אין בית הדין רשאי להרוג את הרודף – אף שקשה לחשוב על הסבר הגיוני אחר לסיבת הריגתו של הנרצח. ומאידך, ניתן להסתמך על שני עדים שראו את הרציחה, למרות שאין וודאות מוחלטת שאינם משקרים. הוי אומר, התשתית הראייתית בבית הדין נקבעת על פי הסדר המוכתב בתורה.
ייתכן שהסיבה לכך היא שהקב"ה נוכח במשפט ושותף להכרעה, וכדברי הגמרא בברכות (ו ע"א): "ומנין לשלשה שיושבין בדין ששכינה עמהם? שנאמר: 'בקרב א-להים ישפוט'". השכינה מצויה בבית הדין ומסייעת לדיינים שלא תצא תקלה מתחת ידם. השראה לתפיסה זו ניתן למצוא בהמשך פרשתנו בנוגע לסוגיית עדים זוממים. כאשר שני עדים הגיעו לבית הדין, ולאחר מכן הגיעו שני עדים נוספים והזימו את הראשונים, גוזרת התורה עונש על העדים הראשונים: "וַעֲשִׂיתֶם לוֹ כַּאֲשֶׁר זָמַם לַעֲשׂוֹת לְאָחִיו … ". העדים הראשונים נענשים בעונש שהיה אמור לקבל הנאשם בגין עדותם השקרית. רש"י מביא את דברי חז"ל שדין זה תקף דווקא כשהנאשם עדיין לא קיבל את עונשו. ברם, אם הנאשם כבר נענש – אין העדים הראשונים נענשים, וגם אינם נחשבים כזוממים; ובלשון חז"ל: "הרגו – אין נהרגים". תמהו הראשונים והאחרונים על הלכה זו: והלא קל וחומר הוא – מה אם רק זממו להרוג את הנאשם הם נענשים, קל וחומר שייענשו אם הנאשם כבר קיבל את עונשו על לא עוול בכפו?!
בעקבות שאלה זו קובע הרמב"ן, שהואיל ושכינה שורה בבית הדין, הרי שהפסיקה שיצאה מבית הדין קיבלה הסכמה אלוקית. כאשר הנאשם קיבל את עונשו, זוהי ראיה שהעדים הראשונים הם עדי אמת, והסיבה לכך היא שהתורה לא תאפשר שיצא מכשול בהכרעת הדיינים. לכן, גם אם יבואו עדים זוממים, לא נהרוג את העדים הראשונים, שכן סימן מובהק בידינו שהנאשם לא נהרג לחינם. קיימת השגחה אלוקית ישירה במשפט הדיינים כך שלא תצא תקלה מתחת ידם. ובלשונו של הרמב"ן: "ועוד, שלא יתן ה' השופטים הצדיקים העומדים לפניו לשפוך דם נקי, כי המשפט לאלקים הוא ובקרב אלקים ישפוט. והנה כל זה מעלה גדולה בשופטי ישראל, וההבטחה שהקב"ה מסכים על ידם ועמהם בדבר המשפט".
