במהלך תיאור בניית המשכן, משובצים שני כתובים ובהם הוראות בקשר לשבת. אחד מהשניים מובא בפרשה, לפני שמשה מיישם למעשה את בניית המשכן נאמר "ששת ימים תעשה מלאכה וביום השביעי יהיה לכם קדש שבת שבתון לד'" (שמות ל"ה, א'-ג'). רש"י בעקבות חז"ל מסביר את הקשר כאזהרה לאנשים שעוסקים במלאכת בניין המשכן שמלאכה זו אינה דוחה שבת, "הקדים להם אזהרת שבת לציווי מלאכת המשכן, לומר שאינו דוחה את השבת" (שם). הפסוק השני בו מוזכרת השבת נאמר בהקשר לעשיית הכיור "אך את שבתתי תשמרו כי אות היא ביני וביניכם לדורותיכם…" (שם, ל"א, י"ג). רש"י פירש גם פסוק זה באופן דומה. המשכן, עם כל חשיבותו, אין לבנותו אלא בימות החול. מאחורי דרשה זו מקופל רעיון עמוק. בכל מערכת חיים מורכבת כמעט בלתי אפשרי למנוע סיטואציות שבהן נוצרת התנגשות בין שני חוקים או ערכים שונים, לפעמים צריך האחד להידחות מפני האחר, לפעמים להקדים את האחד מפני חברו. המפגש בין משכן ושבת, הוא מפגש בין ערכים. להט העשייה עשוי להוליך למסקנה כי ראוי להשלים את המלאכה אפילו בשבת. באה התורה ומבהירה שאין אף מטרה, טובה ככל שתהיה, ה"מכשירה" באופן מידי כל אמצעי. כל מקרה ומקרה ראוי שייבחן לגופו.
בשנת תשי"א, שלוש שנים לאחר הקמת המדינה, פרסם דוקטור צעיר בשם ישעיהו ליבוביץ' מאמר בשם "השבת במדינה כבעיה דתית". במאמר זה טען שההלכה נתקלת בבעיה כאשר היא מנסה להתמודד עם בעיותיה של המדינה, ובעיות אלו הן אימננטיות ודורשות שינוי מהותי ועמוק (יהדות עם יהודי ומדינת ישראל החל מעמ' 108). מאמרו של ליבוביץ' עורר סערה ורבים הגיבו. ראש וראשון היה הרב משה צבי נריה שפרסם קונטרס בשם "קונטרס הוויכוח" ובו התפלמס עם טענותיו של ליבוביץ'. וכך כתב "אילו עמדה הממשלה ורוב הכוחות הקובעים את דמות המדינה…והיו שואפים לבניין המדינה על יסודות התורה והמצוה – לא היה כל קושי יסודי לבנות את המדינה ולקיימה, מבלי לפגוע כלל בהלכות שבת וכדומה…" (צניף מלוכה החל מעמ' 299).

אחת הבעיות הקשות ביותר בהלכה היא העבודה בשבת ובחג בבית החולים. השאלות נוגעות לרופאים ולצוות הרפואי המטפל ישירות בחולה כמו גם לצוות הטכני והמנהלי של בית חולים. אף כי בבתי חולים מצויים חולים שיש בהם סכנה, אשר עבורם נידחים כמעט כל איסורי התורה "מפקחין פיקוח נפש בשבת, והזריז הרי זה משובח. ואין צריך ליטול רשות מבית דין" (יומא פ"ד ע"ב), הרי שהבעיות העיקריות בעבודה הרפואית בשבת בבית החולים הן, הכתיבה, הבישול והפעלת מכשירים חשמליים מגוונים ועוד. ההקלות ההלכתיות בעבודה בשבת בבית החולים מבוססות הן ומקובלות, וכפי שכותב הרב הרצוג "…ואם אנו מקילים בבתי חולים, לא יבואו להקל בחוץ, שהכל יודעים שלחולים יש להקל" (שו"ת היכל יצחק או"ח, ל').
אף כי בבתי חולים מצויים חולים שיש בהם סכנה, אשר עבורם נידחים כמעט כל איסורי התורה, יש הרבה פעולות-עזר שאינן קשורות ישירות בטיפול בחולים, ועל כן לא הותר לעבור עבורם על איסורי תורה. יש פעולות והנהגות שבסיוע טכנולוגי ניתן להמיר איסור חמור באיסור קל, או אפילו לבטל את האיסור בכלל, וכן יש פעולות והנהגות היוצרות אוירה והרגשה של רוח תורת ישראל ומוסר יהודי, שיש להנהיגן בבית החולים לטובת החולים והעובדים כאחד.
העיקרון לפיו ראוי לצמצם את חילול השבת במידת האפשר ובאופן שאינו עשוי להשפיע לרעה על מצב החולה, מחייב להיערך ולהכין מבעוד יום כל דבר שיצטרך לו בשבת לצורך החולה. הדבר נכון גם ביחס למצב בו כעת אין לפנינו חולה שיש בו סכנה אך עלול להתהוות מצב של פיקוח נפש בעתיד שראוי להיערך לקראתו, דבר המצריך בתי חולים להיערך מבעוד יום ולהכין את כל הניתן כדי למנוע חילול שבת שאינו הכרח.
ועם כל זה ראוי לציין. ר' שלמה זלמן אויערבך שסבר שאין לעשות מעשה שיש בו טורח גדול, כדי למנוע את הצורך בחילול שבת שעלול להתהוות בשל פיקוח נפש (שמירת שבת כהלכתה פל"ב, ל"ד). הרב אויערבך הבדיל בין הימנעות ממעשה שתוצאתו תביא לחילול שבת, אף שחילול שבת זה יהיה לצורך פיקוח נפש, כגון לצאת למדבר ביום רביעי מעשה שיצריכו לחלל שבת בשל היותו נתון במקום סכנה בשבת (או"ח רמ"ח, א'), לבין מקרה שכדי למנוע חילול שבת עתידי עליו לעשות מעשה בפועל "…שלא מצינו שיהיה מחויב לעשות מעשה כדי למנוע חילול שבת שיהיה אחר כך בשביל פיקוח נפש" (שם, הערה ק"ו). על דברים אלו ערערו בשעתו רבים, ובתגובה פרסם הרב מאמר הלכתי ובהקדמה ציטט הרב את כל אותן הלכות למעשה הנובעות מהכרעה זו, הלכות המופיעות בספר שמירת שבת כהלכתה (פל"ב ופר"מ), וכתב "ואנכי בעניי על משמרתי אעמודה שכנים הם הדברים וכן ראוי להורות…" (הרב שלמה זלמן אויערבך, "בירורים וספיקות בעניין פיקוח נפש דוחה שבת", מוריה, שנה ג', סיון-תמוז, תשל"א).