סא"ל הרב אודי שורץ, ראש ענף ההלכה, הרבנות הצבאיתנוסחי תפילה שונים נהוגים בעדות ישראל להזכרת נשמות הנפטרים. הנוסח המפורסם ביותר הוא בתפילת "א-ל מלא רחמים", שנאמרת בבית העלמין, ונאמרת גם בטקסי הזיכרון וההתייחדות לחללי מערכות ישראל. לתפילה זו אין מקור בדברי הראשונים, אבל היא נזכרה בספר "מעבר יבוק", שהוא אחד מספרי המנהגים המרכזיים בהלכות אבלות, שחובר על ידי רבי אהרן ברכיה מודינא, מגדולי חכמי איטליה בראשית המאה ה-17. גם נוסח התפילה המקובל בעדות המזרח, "טוב שם משמן טוב… מנוחה נכונה בישיבה עליונה…", אינו מצוי בספרי ראשונים, ואולם מדובר על נוסח קדמון, שהודפס בסידורים כבר לפני מאות שנים.
בטקסים הממלכתיים הנהיגה הרבנות הצבאית להוסיף גם את "התפילה לנשמות הקדושים", שמבוססת על נוסח שחיבר הרב שלמה גורן זצ"ל. הרב הראשי לצה"ל נושא תפילה זו בטקסים המרכזיים בכותל המערבי ובהיכל הזיכרון בהר הרצל, ושאר הרבנים הצבאיים נושאים את התפילה בטקסים הממלכתיים בבתי העלמין ברחבי הארץ.
אמנם, אף שנוסחי התפילה לא הוזכרו בדברי רבותינו הראשונים, עצם מנהג "הזכרת נשמות" ובקשת רחמים ומנוחה נכונה, הוא מנהג עתיק יומין. המנהג הקדום היה להזכיר את נשמות הנפטרים מדי שבת בשבתו. הבית יוסף (אורח חיים, סימן רפ"ד) ציטט מספר "שבולי הלקט" את הדברים הבאים: "וכתב הרב רבי בנימין, לפי ששבת הוא יום מנוחה דוגמא לעתיד לבא, ויום שגם המתים נוחים בו ואינם נדונין – ראוי להזכירם למנוחה ולברכה ולהתפלל עליהם … מצאתי בשם רבי שניאור שיש במדרש (ספרי, סוף פרשת שופטים) "כפר לעמך ישראל" – אלו החיים, "אשר פדית" – אלו המתים מגיד שהמתים צריכין כפרה".
השולחן ערוך בהלכות שבת לא הביא את המנהג להזכיר נשמות, אולם הרמ"א (אורח חיים, רפ"ד ז') השלים את החסר והביא את המנהג להלכה. דווקא בהלכות יום הכיפורים כתב השולחן ערוך (אורח חיים, תרכ"א ו') שנהגו לנדור צדקה לעילוי נשמת הנפטרים, והסבירו הפוסקים שביום הכיפורים גם הנפטרים זוכים לכפרה, ועל כן מזכירים אותם לטובה.
המנהג שהתקבל בקהילות אשכנז (ראו, למשל, משנה ברורה תצ"ד ס"ק י"ז; תרס"ח ס"ק ט"ו) הוא לומר את תפילת "יזכור" לא רק ביום הכיפורים, אלא גם בשלושת הרגלים: בשמיני עצרת, בשביעי של פסח ובחג השבועות. בחו"ל מזכירים נשמות ביום טוב שני, אך בארץ ישראל המנהג להזכיר ביום טוב הראשון. יש מן הפוסקים שהסתייגו מאמירת "יזכור" בשלושת הרגלים במהלך השנה הראשונה – שנת האבל (ראו בהרחבה בשו"ת בצל החכמה, ד' קכ"א), כיוון שבשנה הראשונה הזכרת נשמות מובילה לצער גדול במיוחד, שפוגע בשמחת החג. אמנם, פוסקים רבים הורו לומר את התפילה גם בשנת האבל הראשונה (גשר החיים, פרק ל"א ס"ק ח').
בין עדות המזרח ישנם מנהגים שונים (ראו חזון עובדיה אבלות, כרך א' עמוד שנ"ג): יש שאומרים "השכבה" בימי שני וחמישי בקריאת התורה, ויש שאומרים דווקא בשבת; יש שאומרים רק בשנת האבל ויש שאומרים גם אחריה, וכל עדה וקהילה תנהג כמנהגה.
יש מסידורי אשכנז שהוסיפו בהם נוסח מיוחד לתפילת "יזכור" של שלושת הרגלים, שאותו אומרים על קרובי משפחה שנהרגו על קידוש השם. עמדת הרבנות הצבאית היא, שזהו הנוסח שנכון לומר גם על חללי צה"ל שנפלו בקרב, והיות שלא בכל הסידורים הדברים מודפסים, פרסמה הרבנות הצבאית במהלך המלחמה את הנוסח המעודכן בין המשפחות השכולות.
העיון בתפילות השונות מלמד, שיש בהן שילוב בין תפילה לרחמים ומנוחה נכונה בגן עדן, לבין זיכרון. חז"ל לימדונו, שהקדושים שמסרו נפשם על הגנת העם והארץ – מקומם גבוה מעל גבוה, "ואין כל בריה יכולה לעמוד במחיצתם" (מסכת בבא בתרא, דף י'). אכן, אנחנו מתפללים גם עבורם למנוחה נכונה, אך חלקם בעולם האמת הוא מעל לתפיסתנו ולהשגתנו.
אך בד בבד, דווקא ביחס לקדושים אלו מוטלת עלינו ביתר שאת משימת הזיכרון. אנחנו מזכירים אותם לפני בורא עולם הזוכר כל הנשכחות, אבל באותה מידה מבקשים גם לזכור בעצמנו: לזכור את מסירותם, את נחישותם, את גבורתם ואת אומץ ליבם; לזכור את המשפחות השכולות שאיבדו את היקר להן מכל. לזכור לשם מה נלחמו חיילינו הגיבורים, ומהם הערכים שעבורם הקריבו את חייהם.
כמו בכל יום בעל משמעות בלוח השנה, כך גם ביום הזיכרון לחללי מערכות ישראל ופעולות האיבה, אנחנו מבטאים את רגשי הלב – בתפילה: בפרקי תהילים, בתפילות שנאמרות בבתי הכנסת, ולהבדיל בבתי העלמין ובטקסים. וכפי שהסברנו, במוקד אותן תפילות אנחנו מתפללים גם על הזיכרון: כלפי שמיא, וגם כלפינו. כך חתם הרב גורן את תפילתו לנשמות הקדושים: "נזכה לראות עין בעין בנחמת ציון ובקיום חזון תחיית המתים … ונתתי רוחי בכם וחייתם והנחתי אתכם על אדמתכם וידעתם כי אני ה' דברי ועשיתי נאם ה' ".
